技術的な解決案

個人的には羊堂本舗さんが書いておられるように、GETパラメータでFromAntennaとかNotRefみたいな値を送るのが手っ取り早いと思います。幸い、はてなアンテナには、サイトごとの共有設定があるので、そこでパラメータを送るかどうかの設定を行うことが出来そうだと思います。

言及時に誤ってパラメータ付きでURLを記述してしまうという話もありますが、それはあるサイトへの言及の仕方を知らなかった、というだけで、特に問題無いと思います。